Mejores software de historia clínica en Colombia (2026)

Elegir un software de historia clínica en Colombia no es solo comparar agendas y precios. La Resolución 1995 de 1999 exige que la historia clínica sea un documento obligatorio, íntegro, secuencial y conservado en el tiempo, con identificación del profesional y de cada atención. La Ley 2015 de 2020 creó la historia clínica electrónica interoperable y marcó la dirección regulatoria hacia lo digital. A eso se suman los RIPS (Registros Individuales de Prestación de Servicios de Salud) que soportan la factura electrónica ante la DIAN y las EPS, y la Ley 1581 de 2012, que trata los datos de salud como datos sensibles con autorización, seguridad y política de tratamiento.

Un consultorio o una IPS pequeña busca, en la práctica, cuatro cosas: una historia clínica adaptada a su especialidad, una agenda con recordatorios por WhatsApp que reduzca inasistencias, cobros ordenados y, si factura a EPS o aseguradoras, generación de RIPS y factura electrónica. Esta lista compara ocho opciones que venden en Colombia. Todos los datos de terceros salen de sus propios sitios web, verificados el 2 de noviembre de 2026; no incluimos cifras de usuarios, calificaciones ni testimonios. Cuando un proveedor no publica precio, lo decimos tal cual.

Tabla comparativa

Software	Precio publicado	Prueba gratis	Historia clínica por especialidad	WhatsApp	RIPS / DIAN
Saludtools	Desde $964.000 COP/año por profesional (IVA incluido)	No publica; demo	Sí, formatos por especialidad	Plus y Premium	RIPS en todos los planes; factura DIAN en Plus y Premium
Medifolios	Desde $100.000 COP/mes; cotización	No publica; demo	Sí, 12 a 40 formatos según plan	Planes IPS (Consultorio solo email)	RIPS JSON Res. 948 + factura electrónica
Doctoralia Pro / Practice	$249.000 a $329.000 COP/mes anual; Practice $40.000 COP/mes promo	"Versión gratuita" sin detalle	Expediente digital desde Plus	Plus y VIP	RIPS mencionados en Practice
Medesk	Gratis / "$16/mes por 50 citas" (moneda no indicada)	Sí, 7 días	Sí, plantillas por especialidad	Recordatorios SMS, email y WhatsApp	RIPS JSON solo con módulo de facturación (Facele)
Doctocliq	Gratis / US$19 / US$29 / US$49 al mes	Sí, 7 días	Sí, con odontograma	Recordatorios en planes pagos	Facturación electrónica Colombia como adicional; RIPS mencionados
VitalDesk	US$39,99 / US$59,99 al mes; Enterprise a cotizar	Sí, 14 días sin tarjeta	Sí, 11 especialidades	Pro y Enterprise (Starter como adicional)	No genera RIPS ni factura DIAN; estructura el dato
Medilink	No publica precios	No publica	Sí, fichas por especialidad	Sí, recordatorios gestionados	No menciona RIPS; integración con facturadores en Pro y Titanium
AgendaPro	$29.900 a $510.000 COP/mes	Sí, sin duración publicada	Ficha personalizable solo Premium y Pro	50 recordatorios gratis al mes	No menciona RIPS; facturación electrónica desde $90.000 COP/mes

1. Saludtools

Saludtools, de Care Cloud S.A.S. en Bogotá, se presenta como "software médico con IA para médicos en Colombia" y es, de los ocho, el que más explícitamente integra las obligaciones colombianas. Su sitio publica RIPS en JSON según la Resolución 948 de 2026 en todos los planes, "factures o no", y factura electrónica DIAN en Plus (hasta 100 facturas al mes) y Premium (sin límite), con conexión a Siigo y validación de RIPS antes de facturar. La historia clínica trae formatos por especialidad, firma electrónica, consentimientos y CIE-11; también ofrece documentos para la visita de habilitación y menciona interoperabilidad con la Ley 2015 de 2020.

Precios publicados (por profesional, IVA incluido; el usuario de secretaria no tiene costo): Estándar $964.000 COP al año solo con pago anual; Plus $147.000 COP/mes o $1.589.000 al año; Premium $168.000 COP/mes o $1.816.000 al año. WhatsApp para confirmación de citas en Plus y Premium; telemedicina desde Plus; historia clínica por voz y resumen con IA solo en Premium. No publica prueba gratuita: ofrece demo en línea autoguiada y demo en vivo. Es una buena opción si facturas a EPS o prepagadas y quieres RIPS y DIAN dentro del mismo sistema.

2. Medifolios

Medifolios es una plataforma en la nube "para IPS, clínicas y consultorios en Colombia" con más de 40 módulos. Publica RIPS en JSON (Res. 948) con envío al MINSALUD, facturación electrónica con "armado de cuentas Res. 2284/2023", telemedicina integrada a la historia clínica y portal de pacientes. La historia clínica es "configurable por especialidad y práctica": 12 formatos en el plan Consultorio, 20 en IPS Baja Complejidad y 40 en IPS Alta Complejidad.

Precio publicado: "Planes desde $100.000 COP/mes", con cotización personalizada según módulos y usuarios. Se paga por accesos simultáneos (2, 5 o 10 según plan) con usuarios registrados ilimitados. Hay un 40 % de descuento el primer año para nuevas suscripciones. El plan Consultorio incluye recordatorios solo por email; los recordatorios por WhatsApp aparecen en los planes IPS. No publica prueba gratuita, solo demo. Ojo: su propio sitio muestra inconsistencias (2 vs. 3 accesos en Consultorio), así que conviene confirmarlo en la cotización.

3. Doctoralia Pro y Doctoralia Practice

Doctoralia es ante todo un directorio donde los pacientes encuentran y reservan con especialistas; su producto para profesionales en Colombia combina perfil, agenda online y recordatorios. Precios publicados (COP, facturados anualmente): Starter $249.000/mes con reserva online y recordatorios por email y app; Plus $279.000/mes, que suma "expediente médico digital", videoconsultas y recordatorios por SMS, email y WhatsApp; VIP $329.000/mes con perfil mejorado, campañas y lista de espera inteligente.

Aparte está Doctoralia Practice, el software de gestión: $40.000 COP/mes en promoción de lanzamiento (precio de lista $100.000) para gestionar "episodios clínicos, recetas, facturación, RIPs y citas". La página menciona una "versión gratuita" sin indicar duración ni alcance, y no detalla cómo funcionan los RIPS ni la factura electrónica. Tiene sentido si tu prioridad es captar pacientes nuevos desde el directorio; la historia clínica es secundaria en su oferta.

4. Medesk

Medesk tiene una página específica para IPS en Colombia con historia clínica electrónica, telemedicina, agendamiento y "reportes RIPS", además de remisiones a EPS o ARL y más de 50 especialidades. Su página de precios ofrece un plan Gratis (50 citas al mes, 2 usuarios, 1.000 historias) y un plan Pro a "$16/mes por 50 citas" con usuarios ilimitados y telemedicina; el sitio no indica la moneda. Hay prueba gratuita de 7 días sin tarjeta.

Dos matices importantes: los RIPS se generan en JSON pero "para su uso es indispensable contar con el módulo de facturación electrónica", que funciona con el proveedor Facele y cuyos costos "no están incluidos en el plan"; y cada módulo adicional suma un 20 % sobre el precio base. El modelo de cobro por citas es poco común y conviene proyectarlo con tu volumen real.

5. Doctocliq

Doctocliq es un software médico y dental 100 % en línea, usado en más de 20 países, con adaptaciones para Perú, México, Ecuador y Colombia. Para Colombia dice: "Descarga tus RIPS y emite facturas electrónicas válidas en Colombia". Precios publicados en USD: plan Gratis (1 doctor, 30 pacientes o citas al mes), Individual US$19/mes, Básico US$29/mes y Avanzado US$49/mes, con 7 días gratis sin tarjeta para probar el plan Avanzado.

La historia clínica, el odontograma y el periodontograma vienen en todos los planes; consentimientos y firma desde Básico; inventario y órdenes de laboratorio en Avanzado. Los recordatorios por WhatsApp van de 50 a 150 al mes según plan. La facturación electrónica para Colombia es un servicio adicional contratado aparte, igual que Soyla IA (asistente de WhatsApp) y marketing. En la página de planes no se menciona RIPS, solo en la portada; pide por escrito qué incluye exactamente.

6. VitalDesk

VitalDesk es un software clínico de origen chileno, con una landing específica para Colombia. Su enfoque es la historia clínica estructurada por especialidad: 11 módulos propios (medicina general con CIE-10, odontología con odontograma FDI y periodontograma, fisioterapia con EVA y Daniels, psicología con PHQ-9 y notas SOAP, nutrición, oftalmología, fonoaudiología, terapia ocupacional, podología, estética y bienestar), con firma electrónica, consentimientos informados, portal del paciente y trazabilidad de cada registro. Permite registrar NIT del consultorio o IPS y, por paciente, cédula, EPS y régimen (contributivo, subsidiado o particular); los presupuestos y cobros se manejan en pesos colombianos.

Precios publicados (USD, se pagan con dLocal en pesos colombianos, más impuestos locales): Starter US$39,99/mes y Pro US$59,99/mes, más un plan Enterprise a cotizar; el plan anual baja a US$30 y US$42 al mes respectivamente. 14 días de prueba gratis sin tarjeta con acceso al plan Pro. WhatsApp por la API oficial de Meta viene incluido en Pro y Enterprise (en Starter es un módulo adicional de US$19/mes); los mensajes se pagan a Meta al costo o con el número gestionado de VitalDesk (300 recordatorios al mes por US$9,99).

Limitaciones a considerar: es una empresa joven y extranjera, el precio está en dólares (varía con la tasa de cambio) y, sobre todo, no genera el archivo RIPS ni emite factura electrónica DIAN. Según su propia página sobre RIPS, VitalDesk estructura el dato asistencial de cada atención (paciente, diagnóstico, procedimiento) y los cobros para que armar el reporte no sea una re-digitación, pero la transmisión se hace en la plataforma del Ministerio con tu proveedor de facturación. Si facturas a EPS con volumen, eso pesa; si atiendes particulares y lo que necesitas es una historia clínica sólida por especialidad, es competitivo.

7. Medilink

Medilink es un software de gestión en la nube con sede en Santiago de Chile, presencia declarada en más de 20 países y un sitio y teléfono (+57) para Colombia. Ofrece agenda por profesional, "fichas clínicas personalizables para cada especialidad" (usa el vocabulario chileno de ficha, no historia clínica), recetas con vademécum, consentimientos, telemedicina, inventario, remuneraciones y herramientas de IA para resúmenes clínicos. Tiene páginas por especialidad: kinesiología, psicología, psiquiatría, nutrición, oftalmología, estética, pediatría y dermatología.

Sus tres planes (Esencial, Pro y Titanium) no publican precios: cada uno remite a "Solicita una demo". La integración con facturadores electrónicos aparece en Pro y Titanium; las confirmaciones de citas y la firma electrónica se venden como adicionales en todos los planes. No menciona RIPS ni DIAN en su sitio ni publica una prueba gratuita, aunque sí indica "sin contratos o plazos mínimos de uso".

8. AgendaPro

AgendaPro se define como "software de agendamiento de citas #1 en Colombia" para salones, spa, estética y salud. Es, ante todo, una agenda con CRM, recordatorios, pagos en línea, inventario y marketing; en su sitio colombiano no aparecen los términos historia clínica, RIPS ni DIAN. La "ficha clínica personalizada" y el consentimiento informado están solo en los planes Premium y Pro.

Precios publicados en COP: Individual $29.900/mes (1 profesional), Básico $99.000/mes, Premium $150.000/mes y Pro $510.000/mes (2 a 20 profesionales). Todos incluyen 50 recordatorios por WhatsApp gratis al mes; paquetes adicionales desde $10.000 COP por 50 mensajes. La facturación electrónica es un producto aparte "desde $90.000/mes COP". Hay prueba gratis, sin duración publicada. Encaja en centros de estética, podología, fisioterapia o psicología donde la agenda pesa más que la historia clínica; no está pensada para un consultorio que factura a EPS.

Cómo elegir un software de historia clínica en Colombia

• ¿Facturas a EPS, prepagadas o ARL? Entonces la generación de RIPS en el formato vigente y la factura electrónica DIAN deben estar resueltas dentro del sistema o con un proveedor claro. Pide por escrito qué plan las incluye y cuánto cuesta el proveedor tecnológico. Si solo atiendes particulares, puedes priorizar la historia clínica y la agenda.
• Historia clínica por especialidad, no una plantilla genérica. Un odontólogo necesita odontograma; un fisioterapeuta, escalas de dolor y fuerza; un psicólogo, notas SOAP y tamizajes. Revisa que el formato de tu especialidad exista de verdad, no que sea "configurable" en teoría.
• Cumplimiento verificable. La Resolución 1995 exige identificación del profesional, fecha, hora y registro secuencial e inmodificable; la Ley 1581 exige seguridad y autorización para datos sensibles. Pregunta dónde se alojan los datos, si hay cifrado, respaldos y trazabilidad de accesos, y pide el contrato de tratamiento de datos.
• Costo total, no precio de entrada. Suma usuarios o profesionales adicionales, módulos extra, mensajes de WhatsApp, facturación electrónica e IVA. Compara cobro por profesional (Saludtools), por accesos simultáneos (Medifolios), por citas (Medesk) o por plan (VitalDesk, Doctocliq, AgendaPro).
• Pruébalo con un caso real. Usa la prueba gratuita o la demo para registrar una atención completa: cita, historia clínica, consentimiento, cobro y recordatorio. Si el proveedor no ofrece prueba, exige una demo con tu propia especialidad y pregunta cómo exportas tus datos si decides irte.

Conclusión

No hay un "mejor software" universal. Si tu consultorio factura a EPS y necesita RIPS y DIAN integrados, Saludtools y Medifolios son los más completos en lo regulatorio colombiano, con precios en pesos. Si atiendes principalmente particulares y buscas una historia clínica fuerte por especialidad con WhatsApp y portal del paciente, VitalDesk y Doctocliq ofrecen prueba gratis y precios en dólares; Medesk suma un plan gratuito con un modelo por citas. Doctoralia conviene cuando captar pacientes es la prioridad, y AgendaPro cuando lo central es la agenda. Para profundizar, revisa qué ofrece VitalDesk para Colombia, la guía sobre RIPS, factura electrónica e historia clínica, el artículo RIPS y factura electrónica en 2026, la guía completa de historia clínica electrónica y los planes y precios.

Fuentes consultadas

Datos tomados de los sitios de cada proveedor el 2 de noviembre de 2026. Los precios pueden cambiar; verifica antes de contratar.

• www.saludtools.com
• www.saludtools.com/precios
• www.medifolios.net
• www.medifolios.net/licenciamiento.php
• pro.doctoralia.co/precios/para-especialistas
• pro.doctoralia.co
• www.medesk.net/es/soluciones/ips-colombia
• www.medesk.net/es/pricing
• doctocliq.com
• www.doctocliq.com/planes-y-precios
• web-latam.softwaremedilink.com
• www.softwaremedilink.com/planes
• agendapro.com/co
• agendapro.com/co/planes